ACER kontrolleres av et internt styre ("regulatorstyret"), som består av representanter fra alle de nasjonale energitilsynene i EUs medlemsland. Energitilsyn fra land, som Norge, kan delta som observatør. Dette "regulatorstyret" sikrer at nasjonale interesser vektlegges innad i ACER, samtidig som at ACER skal tilrettelegge for koordinering mellom land. Dermed er det bedre nasjonal kontroll over ACERs arbeid enn om de samme oppgavene hadde blitt gitt til EU-kommisjonen.

Beslutninger i regulatorstyret fattes med 2/3 flertall av de fremmøtte. Hvert land har én stemme hver. Dermed er små land sterkere representert enn i mange andre EU-sammen­henger, der land med mange innbyggere får økt stemmevekt. Norge som EØS-land har ikke stemmerett, men har tale- og forslagsrett i styret i ACER.

Vedtakene til ACER kan ankes til en egen ankeinstans og ev. tas videre til domstolene. EU-kommisjonen har ingen rolle i dette (det er ikke mulig å klage vedtak til Kommisjonen).

ACER styres av de lovene som EU-parlamentet og medlemslandene vedtar. ACER skal iverksette EU-politikk, vedtatt etter normale prosedyrer (dvs. etter forslag fra kommisjonen og vedtak i rådet og Europaparlamentet). Norge er ikke EU-medlem, og dermed ikke med på å vedta EUs lover. Norge har imidlertid en egen avtale med EU (EØS-avtalen), der det er en egen prosess for å forhandle om hvilke EU-lover som skal gjelde i Norge, og hvorvidt det skal gjøre noen justeringer eller tilpasninger av en EU-lov som skal tas inn i norsk rett. Det er norske myndigheter som håndhever lover og regler som er vedtatt og godkjent av Stortinget. Dersom ESA skulle mene at de nasjonale reglene er i strid med EØS-avtalen, kan organet ta initiativ til traktatbruddsøksmål mot Norge.